肝内胆管结石病的病理改变是胆道梗阻和感染；由于肝胆管系统与肝脏实质起到较大关系，重症肝胆管炎常伴随严重的肝细胞损害，成为良性胆道疾病的原因之一。肝内胆管结石的并发症包括急性期并发症和慢性期并发症。

慢性期并发症
肝内胆管结石病的慢性期并发症包括身体营养不良、贫血、低蛋白血症，慢性胆管炎和胆源性肝脓肿，多发性肝胆管狭窄，肝叶纤维化萎缩，胆汁性肝硬化、门脉高压症，肝功能失代偿，以及长时间胆道感染病变有关。

急性期并发症
肝内胆管结石病的急性期并发症大多数集中在胆道感染，包括重症肝胆管炎、胆源性肝脓肿及伴随的感染性并发症。感染的诱因与结石的梗阻和胆道的炎性狭窄有关。

肝内胆管结石的诊断对于单纯胆管结石未合并感染或其他合并症者，平时要注意相关鉴别。影像学检查有助于诊断及鉴别诊断。B超、PTC检查可显示肝内胆管结石的分布和肝胆管的狭窄和扩张，这对确定诊断和指导治疗起到较大意义。

生活中，假如饮食偏荤喜甜者，脂肪和胆固醇摄入较多，易形成胆固醇结石；甜食过多又促进胰岛素分泌，这可能会加速胆固醇沉积；经常不吃早餐还可能会使胆酸含量减少，胆汁浓缩，有利于结石形成。

肝内胆管结石病的急性期并发症通常是胆道感染，包括重症肝胆管炎、胆源性肝脓肿及伴随的感染性并发症。感染的诱因与结石的梗阻有关。

正常胆汁中，胆红素是水溶性的胆红素二葡萄糖醛酸酯的结合型胆红素，但结石中的胆红素大多数是不溶解的游离胆红素。因而，胆汁中结合型胆红素的去结合化是形成结石症结所在。

原发性胆管结石的形成与胆道的慢性炎症、细菌感染、胆汁淤滞、营养等方面有关。常见的致病原因有复发性化脓胆管炎、胆道阻塞、胆道寄生虫病，感染是致结石形成的原因之一。感染细菌是肠道菌属。其中，较多是大肠杆菌，厌氧性细菌亦较常见。