输尿管结石造成尿流梗阻，损害肾功能，结石部位较高，梗阻严重。时间一长，并发感染较重，肾损害一样比较严重。结石可刺激、擦伤输尿管粘膜，会引起出血，并发感染，使输尿管扩张，管壁变薄。结石嵌顿处的输尿管由于炎变致使组织增生而纤维化，输尿管变厚。

结石穿破输尿管的病例则极少。梗阻引起不同程度的肾积水，损害肾实质，并发感染，还可发生肾盂肾炎、肾脓肿。

在输尿管中、上段部位的结石嵌顿堵塞或结石在下移过程中，常引起患侧肾绞痛和镜下血尿。疼痛可向大腿内侧、睾丸或阴唇放射。常伴有恶心、呕吐，有时血尿为肉眼可见。输尿管膀胱壁间段较为狭小，结石易停留。

由于输尿管下段的肌肉和膀胱三角区相连，并且直接附着于后尿道，常伴发尿频、尿急和尿痛的特有症状。在不影响尿流通过的较大结石，可仅有隐痛，血尿也轻。

孤立肾的输尿管结石阻塞或双侧输尿管阻塞，一侧输尿管结石阻塞使对侧发生反射性无尿这些情况，都可能出现急性无尿或肾功能不全。

结石卡在输尿管上段时，疼痛在腰及上腹部，有的传到睾丸或外阴部；中段时，疼痛通常在腰及下腹部；假如在下端接近膀胱处时，疼痛除了在腰及小腹外，有的还可能引起尿频、小便困难或解不出的症状。一般来说，尿管结石不会太大，输尿管较细，过大的结石不能进入输尿管口，多数仅为绿豆到黄豆大小。